Vor rund 12 Millionen Jahren hatten vulkanische Aktivitäten in den Ablagerungen des Molassebeckens nördlich der Alpen einen Krater gesprengt, der sich mit Wasser füllte und so einen Maarsee bildete. In diesem Süßwassersee lagerten sich feinste Sedimente aus Kalk und Mergel ab und überdeckten auf den Boden abgesunkene Tiere und Pflanzen so, dass sie unter Luftabschluss versteinerten. Nach dem Ende der Eiszeit kamen die von den Gletschern freigelegten Kalkschichten an die Oberfläche.
Bereits um 1500 begann das Kloster Öhningen in Steinbrüchen die feingeschichteten Mergel und Kalke abzubauen. Dabei stieß man auf fossile Einschlüsse, die ab 1708 wissenschaftlich beschrieben und gesammelt wurden. Über 900 Tierarten und 450 Pflanzenarten wurden unterschieden. Im Fischerhaus befindet sich ein Querschnitt von Original - Fossil Funden. Die Bedeutung der darin enthaltenen Versteinerungen wurde allerdings erst zu Beginn des 18. Jhdts. erkannt. Nach der Säkularisierung des Klosters Öhningen Anfang des 19. Jhdts. gab es zahlreiche weitere Besitzer, meist aus Wangen. 1952 fanden die letzten wissenschaftlichen Grabungen statt. Die jetzigen Funde im Museum sind meist Leihgaben aus den Beständen des Naturkundemuseums in Karlsruhe.
Zu diesen Themen bietet der Geologe Dr. Mathias Geyer regelmäßig geologische Wanderungen und Führungen an.
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