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Das Museum befindet sich in einem denkmalgeschützten Riegel-Fachwerkhaus in der Bauweise der Bauernhäuser im Hegau und auf der Höri vor etwa 500 Jahren. Es wurde 1618 im Ortskern des 1155 erstmals urkundlich erwähnten Bauern- und Fischerdorfes Wangen errichtet. Auf Initiative des Fördervereins Fischerhaus konnte das Gebäude vor dem Abbruch gerettet und 1986 an seinem heutigen Platz am Seeufer umgesetzt und renoviert werden. 
Am Hinterhorn in Wangen befanden sich vor rund 4000 bis 6000 Jahren jungsteinzeitliche Siedlungen. Entdeckt und durch Grabungen untersucht, wurden sie ab 1854 - als erste Fundstelle am Bodensee überhaupt - durch den ortsansässigen Bauern und Ratsschreiber Kaspar Löhle. 
Vor rund 13 Millionen Jahren hatten vulkanische Aktivitäten in den Ablagerungen des Molassebeckens nördlich der Alpen einen Krater gesprengt, der sich mit Wasser füllte und so einen Maarsee bildete. In diesem Süßwassersee lagerten sich feinste Sedimente aus Kalk und Mergel ab und überdeckten auf den Boden abgesunkene Tiere und Pflanzen so, dass sie unter Luftabschluss versteinerten. Nach dem Ende der Eiszeit kamen die von den Gletschern freigelegten Kalkschichten an die Oberfläche. Erst um 1500 begann das Kloster Öhningen in Steinbrüchen die feingeschichteten Mergel und Kalke abzubauen. Dabei stieß man auf fossile Einschlüsse, die ab 1708 wissenschaftlich beschrieben und gesammelt wurden. Über 900 Tierarten und 450 Pflanzenarten wurden unterschieden. Im Fischerhaus befindet sich ein Querschnitt von Original - Fossil – Funden, hauptsächlich als Leihgabe aus Beständen des Naturkunde – Museums Karlsruhe.